一 、運行管理費用大

因為高級別潔凈室凈化風量大，新風量也大，溫濕度要求嚴格，所以空氣熱濕處理和空氣輸配的能量消耗大，耗電多，運行費用貴。 

二、建造投資費用高

高級別潔凈室的建造費用很高，一般來說，100級垂直單向流的潔凈室，其室內裝修（墻、頂、地、門、窗等、和空調凈化系統（包括制冷空調設備和管道配件、凈化設備和配件等、的初投資大約為1000元人民幣/M2；如果加上純水制備和系統管道，純氣發生和系統管道，廢水治理設備和管道，消防系統，供配電和自控系統，真空清掃系統等等，其單位面積的建造投資費用要高達25000~30000元人民幣/M2。

三、靈活適應性強

因為，科學技術的發展很快，高科技的產品不斷出現，尤其是電子工業的發展更是日新月異像集成電路的發展2~3年就更新一代，TFT-LCD的發展更快1~2年就上一個臺階。這就要求為其服務的高級別的潔凈室必須能適應其發展速度，有極好的靈活性和適應性。因為建造一個潔凈廠房是百年大計，不是一、二年就會拆掉重建。因此，在設計和建造潔凈廠房時，就要考慮到工藝的發展、變更，就要考慮到潔凈廠房的靈活性和適應性。從一個潔凈廠房的靈活適應角度，可將其分為三個層次，第一是不可變的部分。無論怎樣改都不能改變的部分。如基礎、梁、柱等結構部分；第二是可變但不容易變的部分。如潔凈室的圍護、裝修等；第三是可變而且容易改變的部分。如動力、空氣、水氣體溶劑的供給部分和廢氣、廢水、廢料等排放部分。